本學程以論文為導向之分子生物學、動物生理學和微生物學等各領域的研究為核心，透過生命科學學院和海洋科學與資源學院各系之間的合作，提供水產養殖管理、環境生態系統、魚類育種和海洋化學等豐富多樣的研究。

生命科學院研究目標及方向

1. 水生生物生理生態與生物多樣性：珊瑚礁生物多樣性、龜山島海底溫泉生物多樣性、綠蠵龜生態保育、海洋甲殼類生物多樣性、海洋藻類及微細藻類之生理生態、海洋黴菌之生理生態、鯙鰻之生理生態、嗜高溫菌海洋細菌之酵素基因特性及應用、海洋橈足類生理生態、臺灣及海南島之溪流及海洋底棲魚類多樣性、東海浮游植物基因表現與環境交互作用。
2. 魚蝦貝類病理：：魚蝦貝類疾病之形成機制和種類、魚蝦貝類之免疫系統、魚蝦貝類抗體與抗病毒之應用、免疫刺激物及疫苗研發與應用。
3. 環境適應和內分泌調控：環境因子對魚蝦貝類生長、生理和內分泌影響、環境變遷對魚蝦貝類生長、生理和內分泌影響。
4. 水域生物技術：抗氧化相關cDNA及酵素技術表現與應用、生物奈米材料與奈米金屬聚合物之合成、分子生物醫學研究、藻類醱酵、海洋生物毒及其功能性蛋白質和基因體之研究與應用、螢光魚基因調控，穩健發展以水域生物科技為核心之創新研究技術。
5. 水產繁養殖：循環水養殖技術、水產飼料、深層水養殖、觀賞魚之研究和育種、箱網養殖技術、魚蝦貝類繁養殖、水產種苗。
6. 食品科學、食品加工與食品安全：藻類發酵產品、海藻多醣利用、膠原蛋白利用、幾丁質與幾丁質聚醣利用、海洋生物毒、食品流通與風險評估、、奈米技術、食品安全與品質管理、產銷履歷驗證、生理代謝與膳食療養。
7. 資源利用與水產活性物質開發：藻類生質能源、深層水利用、海洋生物活性物質開發、保健食品素材探討與應用。

海洋科學及資源學院研究目標及方向

海洋佔地球表面積70.8%，是地球重要的生命支持系統之一。臺灣四面環海，是典型的「海洋國家」，對海洋的需求及依賴並無庸致疑，因此瞭解海洋、掌握海洋、保護海洋，無疑是臺灣永續發展重要的課題。為配合國家海洋立國政策，本學院針對國家的需求及學校的資源，發展特殊專業的教學暨研究團隊及實驗室。

• 與海洋科學有關之研究內容主要包括海洋物理、化學、生物、地質、全球氣候變遷、海岸變遷、海洋遙測、水下搜索、地震與斷層之監測。
• 與海洋資源有關之研究包括海洋魚類分布生態、漁業資源評估與管理、海洋資源探勘與永續利用、環境生態保全等。
• 本學院也積極擴展海洋環境保育與資源管理、海洋事務與政策等相關領域之研究，以維護國家的權益，並實現「海洋立國」之理想。